La Cappella delle Stigmate risale al 1263, costruita proprio sul luogo in cui San Francesco ricevette le Stigmate. Il miracolo avvenne nel settembre del 1224 mentre egli era in profonda contemplazione sul fianco della montagna. Il santuario ha rapidamente guadagnato reverenza ed è stato successivamente protetto da Papa Alessandro IV. La Cappella vanta un maestoso altare di Andrea della Robbia che raffigura Cristo crocifisso, circondato da angeli, con San Francesco ai suoi piedi.

Il Corridoio delle Stigmate, costruito nel 1578, presenta affreschi di Baccio Maria Bacci e conduce a diverse cappelle minori.

La Festa delle Stigmate viene celebrata ogni anno il 17 settembre. Grandi folle di preti, locali e pellegrini si riuniscono per onorare San Francesco e le sue miracolose Stigmate. I frati del santuario ospitano e intrattengono migliaia di pellegrini durante questo importante evento.